A l'inici del segle XVI, totes les Illes Canàries havien estat conquerides i annexionades a la Corona de Castella com un territori més. És a dir, s'hi aplicaven el dret i les institucions castellanes. A diferència de la Corona d'Aragó, no es creà cap entitat política autònoma i no hi havia cap tipus d'autogovern. Les illes de Gran Canària, Tenerife i La Palma eren d'administració reial i les altres, en canvi, patien una administració senyorial.

Afortunadament, la brutalitat de la conquesta i dos segles de pillatge i d'esclavitzacions no acabaren amb la població autòctona guanxe. Ja fossin lliures o esclaus, restaren milers d'indígenes canaris que fins i tot augmentaren un poc arran del retorn d'alguns dels que havien estat esclavitzats i venuts fora de l'arxipèlag. Un informe de 1504 parla de 1.200 famílies guanxes i l'historiador canari Eduardo Aznar Vallejo considera que eren autòctons una quarta part dels 20.000 habitants de les Canàries del segle XVI. A més, com que els conqueridors castellans havien duit amb ells poques dones, aviat hi va haver un important mestissatge.

Però la població guanxe va patir un fortíssim procés d'aculturació i de castellanització. La pressió contra el seu idioma fou brutal i només mitjançant la cristianització i l'ús del castellà els guanxes podien intentar integrar-se dins la societat dels conqueridors. La castellanització començava quan els guanxes eren batiats amb noms del santoral cristià i havien d'abandonar els seus noms propis. En canvi, alguns mots indígenes relacionats amb antropònims, càrrecs, oficis o topònims persistiren com a llinatges. Aquest fou el cas, per exemple, dels cognoms Guanarteme, Guadarfia, Aythami, Maninidra, Bentagayre, Anaga, Adeje, Güimar i Tacoronte.

Part dels guanxes aviat foren bilingües i, amb el temps, passaren a esser monolingües. L'aculturació permetia als guanxes reivindicar la seva igualtat respecte als castellans. Així, ja el 1514, un grup de natius grancanaris plenament integrats defensaven els seus drets civils i religiosos perquè "hablamos e somos habidos por propios castellanos".

Però no tots els guanxes es castellanitzaren amb rapidesa i els que continuaren fidels a la seva cultura patiren una dura repressió que també afectava una altra minoria present a les Canàries, els anomenats moriscos, berbers africans, majoritàriament esclaus. Els que no parlaven castellà, ni portuguès o francès, perquè també hi havia colons europeus que parlaven aquests idiomes, eren considerats com éssers inferiors. Així, el Cabildo de Tenerife demanà l'expulsió dels guanxes de les muntanyes que no tenien "tratos de la conversación e comunicación de los castellanos". Encara cap al 1560, alguns guanxes de Tenerife necessitaven d'altres autòctons bilingües per poder redactar testaments i altres documents públics.

Entre el segle XV i el segle XVII, les Illes Canàries passaren del multilingüisme (guanxe, castellà, portuguès, francès, berber i tal vegada àrab) al monolingüisme castellà. El guanxe, com tants d'idiomes d'Amèrica i de la península Ibèrica, va esser víctima de l'etnocentrisme i l'unitarisme de la Corona de Castella. Però, a més del fet biològic que part de la població guanxe va sobreviure, un cert nombre de mots del seu idioma han perviscut incorporats al castellà de Canàries, com els topònims Tenerife, Canaria, Gomera, Teide, Telde, Tindaya, Gáldar; els noms relacionats amb la ramaderia goro (petit corral de pedra) i baífo (cabreta); de l'àmbit de la flora, com tabaiba, tajinaste i tañerte; i de la fauna, com guirre (milana) i perinquén (dragó). Per cert que l'escola i els mitjans de comunicació de masses, a l'inici del segle XXI, encara continuen el seu procés de castellanització i descanarització marginant el lèxic d'origen guanxe i berber.