L'italià Loris Capirossi (Ducati Desmosedici) s'adjudicà la seva primera i única victòria de l'any en guanyar per tercera vegada consecutiva en el Gran Premi del Japó. Casey Stoner (Ducati Desmosedici) es proclamà matemàticament campió del món.
Sense ser una cursa espectacular, fou una prova atractiva com a conseqüència de les condicions climatològiques i de la decisió de la direcció de la prova de confirmar-la com a cursa en banyat. Així, el nou reglament tècnic permetia el canvi de moto en plena competició.
El català Dani Pedrosa (Honda) fou el primer líder de la correguda. Rere seu es col·locaren Toni Elías (Honda), que acabà tercer, seguit per Valentino Rossi (Yamaha), Nicky Hayen (Honda) Anthony West (Kawasaki) i Casey Stoner (Ducati), amb Capirossi en posicions bastant endarrerides.
L'australià West és un especialista en aigua, però s'avançà a la sortida i fou penalitzat amb un ride trough, que l'obligava a entrar a boxes i passar pel pit lane abans de retornar a la pista, ja sense opcions de lluitar pel podi.
El nord-americà Nicky Hayden (Honda) fou un dels primer que entrà a canviar de moto. Una volta després ho feia Toni Elías i encertà en el moment de la seva decisió, ja que tornà a la pista molt ben col·locat i els que eren per davant també haurien d'entrar tard o d'hora a canviar de moto. Era la vuitena volta i tots pensaven que Melandri, Stoner i Rossi entrarien ben aviat. S'equivocaren. Rossi avançà Stoner i Melandri i canvià de moto. Pedrosa intentà aguantar, però caigué i s'hagué de retirar. Rossi era primer, però ben aviat notà que la seva moto no anava bé. Tornà al pit lane, retornà a la pista, però ja quedà molt allunyat. Capirossi, a tot això, guanyà la cursa per davant Randy de Puniet i Toni Elías. Stoner, per davant de Rossi, ja és campió.
