Amb la consecució matemàtica de l'ascens a Primera Divisió, aconseguit després del partit d'ahir contra l'Albacete en el qual guanyà per 2-3, el Màlaga, un dels equips històrics del futbol espanyol, posa punt i final a un cicle de deu anys d'història que es poden qualificar sense exageració com a un autèntica travessia pel desert, en la qual fins i tot va estar a punt de desaparèixer definitivament.
El calvari s'inicià la temporada 1989-90 quan baixà a Segona Divisió A. Una campanya després, enmig d'una gran crisi, l'entitat s'enfonsà als inferns de la Segona Divisió B, on malgrat tot no juga, ja que desapareix per convertir-se en l'Atlètic Malagueny el 1991-92.
Les dues campanyes següents contemplen la fluctuació de l'equip entre Segona B i un nou descens a Tercera Divisió, denotatiu de la manca d'horitzons en la qual es mou la plantilla de La Rosaleda. Per una altra banda, el seus problemes econòmics arriben fins a tal extrem de veure com són embargats els seus trofeus per pagar part del deute del club amb la Seguretat Social i el Ministeri d'Hisenda.
Al marge de tot això, l'afició no se sent identificada amb la denominació d'Atlètic Malagueny, que oculta el nom de la ciutat, permanentment sant i senya del sentir blanc-i-blau. Així, els socis decideixen en assemblea rebatejar-lo com a Màlaga Club de Futbol, amb la qual cosa s'obri una nova etapa que aquesta vegada sí acabarà amb un final feliç.
I l'alegria comença a la temporada 1994-95 amb el darrer ascens a Segona Divisió B. A la 1997-98 es consuma la recuperació de la categoria de plata i el Màlaga, després d'un canvi de presidència, controlada ara per Fernando Puche, comença a somiar a recuperar el seu lloc entre els millors.
