La segona modalitat per cobrar l'ecotaxa, anomenada d'estimació objectiva o d'aplicació de mòduls, afectarà els hotels que hagin contractat més del 20% de les places durant l'exercici fiscal anterior a través d'intermediaris o majoristes de viatges. Així mateix, també hauran de complir el requisit de no superar una capacitat de 5.000 allotjaments. Aquest sistema estableix la fórmula per determinar el nombre d'estades que s'han de declarar i les quotes que s'han d'ingressar. Entre les característiques de l'estimació objectiva figuren la garantia de preveure amb la suficient antelació els pagaments, ja que aquestes quotes no seran modificades per Hisenda si s'han aplicat correctament els mòduls. Precisament, la tasca dels inspectors se centrarà a comprovar si aquesta adaptació ha estat ajustada a la normativa.
Amb l'estimació objectiva s'elimina l'obligació de dur llibres de registres fiscals, així com de conservar els justificants del pagament de tributs, malgrat que s'hauran de lliurar al turista si aquest ho sol·licita. Tampoc el client de l'hotel se veurà obligat a omplir cap model de declaració. La determinació de la quota anual a ingressar es realitza a través d'un sistema de càlcul que consisteix a multiplicar el nombre d'estades total resultant de l'aplicació dels mòduls i, també, dels índexs correctors segons el tipus d'establiment turístic.
El nombre d'estades s'obté multiplicant el nombre previ d'estades (establert en el gràfic de la pàgina adjunta) pel nombre de places autoritzades per l'hotel. Després, s'apliquen els índexs correctors: per temporada, zona i causes excepcionals. L'índex per temporada és un factor que varia segons el número de dies que l'hotel estigui obert, de tal manera que canvia si l'establiment supera els 122 dies d'activitat, sigui contínua o no.
També les zones on estigui emplaçat l'establiment hoteler són variables en el còmput per fixar les quantitats a pagar. S'han establert dues: una única per a Formentera i altra per a les ciutats. En aquest darrer grup s'emmarquen els nuclis antics de Palma, Maó, Eivissa i Ciutadella i, de forma particular, dins el terme municipal de Palma (excepte l'Arenal, Molinar, Marivent i Cala Major). Hisenda ha previst altra modalitat consistent en un únic pagament de l'ecotaxa entre els dies 1 i 20 del mes de setembre de l'exercici fiscal. Aquest sistema, denominat ingrés a compte, preveu el mateix càlcul utilitzat pels mòduls, però no se pot aplicar en cap cas el coeficient de temporada.
