El fiscal Antoni Torres, encarregat de les investigacions del cas Formentera, es planteja la inhibició del Jutjat Número 2 d'Eivissa en favor d'una instància judicial superior. Aquesta possibilitat, que ja l'havia contemplada amb anterioritat, guanya pes després de les declaracions de dimecres passat com a imputats de Miquel i Maripau Segura. Torres ja comentà que existien tres possibilitats: inhibir-se en favor del Tribunal Suprem, en el cas que les investigacions puguin afectar aforats com ara l'expresident del Govern balear i ministre de Medi Ambient, Jaume Matas, o la diputada del Congrés, Rosa Estaràs.
També es pot recórrer a l'Audiència Nacional, si els suposats delictes s'haguessin realitzat fora de l'Estat espanyol, com ara a l'Argentina o a l'Uruguai, d'on provenen la majoria d'emigrants censats a Formentera en les darreres eleccions autonòmiques del 1999. Finalment, en el supòsit que hagués de declarar un diputat autonòmic, el cas passaria al Tribunal Superior de Justícia de les Balears. En el cas que aquesta possibilitat prosperàs, no seria la primera vegada que el cas Formentera és objecte d'inhibició.
El jutge d'Instrucció número 2 d'Eivissa ja elevà l'expedient a l'Audiència Nacional el febrer del 2000 per entendre que el presumpte delicte de frau electoral s'hauria comès fora d'Espanya i, per tant, no era competent per continuar les investigacions. No obstant això, l'Audiència Provincial de Palma, tribunal que resolgué aquest recurs, dictaminà el maig que la instrucció havia de continuar a Eivissa. En la seva argumentació, l'Audiència assenyalà que si s'havia comès cap mena de delicte només afectava l'àmbit de la Comunitat Autònoma i, per tant, el jutjat era competent per continuar amb l'assumpte.
Després de l'aparició de tots els informes de l'operació Mapau, les tasques judicials s'han intensificat i han desembocat en la declaració com a imputats dels presumptes delictes de frau electoral i malversació de fons públics els autors dels documents, Maripau i Miquel Segura. El fiscal en cap del Tribunal Superior de Justícia (TSJB), Antonio de Vicente Tutor, segueix molt de prop les investigacions que es realitzen a Eivissa. De fet, amb les informacions periodístiques sobre el cas s'obrí una nova línia d'investigació centrada en la malversació de fons públics. Malgrat això, des de la Fiscalia del TSJB, s'ha destacat que sempre cerquen una exigència de certesa.
