El país perd el seu president i Moscou, el seu «home» a Grozni

Kadirov lluità per la independència d'aquesta República durant la primera guerra txetxena (1994-1996). El seu lideratge entre els musulmans el portà a convertir-se en muftí o líder espiritual de Txetxènia entre el 1995 i el 2000. Abans, l'octubre del 1998 i el maig del 1999, fou l'objectiu de sengles atemptats amb bombes, dels quals sortí il·lès.

El 1999 Rússia desencadenà la segona guerra de Txetxènia. Però s'estancà en la seva ofensiva arran d'una resistència superior a la prevista. Així, el Kremlin considerà la conveniència de cercar un aliat entre els clans txetxens més poderosos i de derrotar així el separatisme des de dins.

Kadirov es decantava en aquells moments per un major «pragmatisme» i donava suport a la decisió del clan dels Jamadaiev, vinculats amb la màfia i amb l'extorsió, de passar-se al bàndol rus. Amb aquests precedents i amb una actitud prorussa ja clara, Kadirov fou elegit el 12 de juny del 2000 pel president Vladimir Putin per encapçalar una Administració provisional dirigida per Moscou.