La rivalitat entre Lorenzo i Pedrosa continua. Els dos pilots van ser els artífexs de la lluita pel millor temps de Moto GP fins a la baixada de la bandera de quadres, amb constants alternatives per a ambdós. Si bé qui va mostrar a tota hora més consistència va ser el pilot d'Honda, que fou el primer i l'únic que trencà la barrera del minut i quaranta segons. Pedrosa va completar una excel·lent jornada a Indianapolis i es va adjudicar el millor temps per a la formació de sortida de la cursa del dematí, amb una superioritat pràcticament absoluta i amb nou rècord inclòs. En la primera línia l'acompanyaran Jorge Lorenzo (Yamaha YZR M 1) i el seu company d'equip i vuit vegades campió del món, l'italià Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1).

Toni Elías va haver d'esforçar-se intensament per aconseguir el millor rendiment de la seva Honda RC 212 V, però al final una caiguda va impedir que defensàs la sisena plaça i va acabar setè. En canvi, Aleix Espargaró, en la seva primera actuació a MotoGP, va col·locar la Ducati Desmosedici de l'escuderia italiana Pramac en el setzè lloc.
Per altra banda, en el quart de litre la sorpresa va arribar de la mà del francès Mike di Meglio, que va protagonitzar la seva millor classificació d'entrenaments d'ençà que és en els 250 cc. Malgrat tot, va haver de deixar enrere tant el líder japonès, Hiroshi Aoyama (Honda), com el campió del món, l'italià Marco Simoncelli (Gilera).

Només Aoyama es va deslliurar de la penalitat de les caigudes, ja que tant Di Meglio com Simoncelli, aquest en dues ocasions, van caure. Això no obstant, no els impedí rodar al màxim nivell per col·locar-se en les millors posicions de la primera línia de sortida, en la qual també hi haurà Héctor Barberá (Aprilia).