El finès Mika Kallio (KTM) s'adjudicà la victòria en el Gran Premi del Japó de 250 cc, tot i els intents de l'italià Andrea Dovizioso per sumar el màxim nombre de punts a Motegi en una prova a la qual Hèctor Barberà (Aprilia) fou tercer i el mallorquí i actual campió del món, Jorge Lorenzo, no pogué passar de l'onzena posició.

Les condicions meteorològiques no foren les més favorables per disputar una prova de motociclisme i menys encara si entre dos dels contendents es disputen el títol mundial. Qualsevol errada podia resultar fatídica.

Amb aquests condicionants s'apagà el semàfor vermell. Andrea Dovizioso fou el primer a entrar al sempre compromès revolt de final de recta quan l'asfalt encara estava molt banyat. Rere seu es col·locaren els germans japonesos Shuhei i Hiroshi Aoyama, a més del finès Mika Kallio i dels espanyols Jorge Lorenzo, Julián Simón i Hèctor Barberà. Ja en aquest revolt es produí la primera caiguda amb diferents pilots involucrats. L'espanyol Efrán Vázquez (Aprilia) no pogué així ni finalitzar la primera volta. Qualsevol errada podia deixar un pilot fora de cursa. Aquesta situació beneficiava Andrea Dovizioso, que en arribar al Japó tenia cinquanta-un punts de desavantatge davant Lorenzo. Dovizioso es va mantenir al capdavant de la prova fins a la vuitena volta, quan Yuki Takahashi l'avançà. Aleshores, Lorenzo ocupava la 12a posició, la seva pitjor classificació a la prova. Kallio, Dovizioso, Takahashi i Hiroshi Aoyama eren al capdavant, mentre que Barberà havia quedat una mica enrere. La lluita a les primeres posicions fou espectacular. A la 19a volta, Takahashi va cometre una errada i sortí de la pista. Tornà a l'asfalt, però just per retornar a boxes. Poc després, el japonès Hiroshi Aoyama va caure i quedà fora de la lluita, tot i que pogué retornar a la pista per finalitzar en setena posició. Així, just quedaren Mika Kallio i Andrea Dovizioso a la recerca de la victòria. L'italià degué fer comptes i abans d'arriscar-se a una caiguda com els seus rivals optà per confirmar la segona posició que, amb l'onzè lloc de Lorenzo, li permet restar quinze punts al campió en la seva lluita final pel títol mundial.

El més beneficiat de les caigudes de Takahashi i Aoyama fou Hèctor Barberà, que acabà pujant al podi.
Àlvaro Bautista, que sortí molt endarrerit, anà guanyant posicions, però sortí de la pista i retornà a l'asfalt en el 20è lloc per acabar 15è, dos llocs per davant d'Aleix Espargaró.