La Comissió Europea ha avalat la legalitat de l'ecotaxa, ja que considera que no suposa una doble imposició tributària ni que sigui incompatible amb l'impost del valor afegit (IVA). Precisament, aquesta tesi ha estat defensada per l'Advocat de l'Estat, en representació del president del Govern central, José María Aznar, en el recurs d'inconstitucionalitat promogut contra el tribut autonòmic. També la Federació Hotelera, en la impugnació davant del TSJB, ha utilitzat el mateix argument. En una resposta parlamentària a l'eurodiputat mallorquí Carlos Ripoll, el comissari europeu de Mercat Interior, Frits Bolkenstein, ha afirmat quant al suposat caràcter discriminatori de l'ecotaxa, en repercutir-la només als hotelers, que «les autoritats nacionals trien els criteris d'imposició fiscal i l'aplicació de l'impost a altres sectors, com ara restaurants, centres d'activitats turístiques, cinemes, etc. també és competència seva».
Bolkenstein assenyala que la directiva de l'IVA no s'oposa a l'existència, per part d'un Estat membre, «d'imposts sobre contractes d'assegurances, joc, consums específics, drets de registre i qualsevol tribut o taxa que no gravin el volum de negocis». Segons Bolkenstein, l'ecotaxa, a diferència de l'IVA, «no s'aplica de manera general, sinó a un únic sector "l'hoteleria i els allotjaments turístics; no és proporcional al preu dels serveis taxats i, finalment, no disposa de cap mecanisme de repercussió/deducció com el que estableix l'IVA». Carlos Ripoll plantejà una presumpta intromissió de l'ecotaxa en el dret al lliure establiment d'empreses, en contra del que defensa la UE. Bolkenstein tornà a rebutjar aquest extrem, ja que «no sembla que amb l'ecotaxa hi hagi una discriminació entre els establiments turístics, perquè tots són a les Balears».
El conseller d'Hisenda, Joan Mesquida, declarà no sentir-se sorprès per la decisió de la Comissió Europea. «Confirma les nostres tesis: l'ecotaxa és un impost que no col·lideix amb cap altra figura impositiva». Mesquida recordà que abans d'aprovar la llei de l'ecoimpost, responsables de la Hisenda autonòmica mantingueren reunions amb representants de la Unió Europea. «Avala el que he pensat des d'un començament i contradiu les acusacions de 'bunyol' llançades pel PP». Segons el conseller d'Hisenda, l'acte del Tribunal Constitucional que aixecà la suspensió de l'ecotaxa «és significatiu, perquè ja analitza el conflicte».
Quant als arguments del Govern d'Aznar i de la Federació Hotelera, Mesquida digué que els estudis jurídics realitzats pels empresaris ja demostraren que la llei és fonamentada. «Si hagués estat atacable, ja s'hauria fet». «Férem una llei tècnicament i jurídicament impecable, encara que el TC hi tindrà la darrera paraula». Mesquida va criticar el Govern d'Aznar pel fet de presentar al·legacions «dèbils» davant del TC. «És com si haguessin retallat el recurs de l'Isiquiema i l'haguessin afegit».
