La Defensora del Poble Europeu, Emily O'Reilly, ha anunciat que per ara no s'investigarà l'espionatge amb Pegasus a la Unió Europea. Concretament, ha assegurat que per ara l'organisme no ha rebut cap queixa sobre aquesta qüestió i, per tant, no és una prioritat investigar-ho.

Així i tot, O'Reilly ha dit que és «conscient» que aquests casos d'espionatge afecten a països del club comunitari, com l'Estat espanyol, Hongria o Polònia. Per tant, en cas que arribi una queixa sobre com les institucions o agències europees estan abordant la qüestió, ha assegurat que l'analitzaran.

De les revelacions del Citizen Lab, se sap que Pegasus va espair els eurodiputats d'ERC Diana Riba i Jordi Solé, així com, pel que fa a Junts, Toni Comín abans d'agafar l'acta, Carles Puigdemont a través del seu entorn i, a un dels seus assistents de Clara Ponsatí. Quan aquesta informació va ser publicada, l'Eurocambra va posar a disposició dels seus membres un servei per saber si tenien instal·lat Pegasus.

La cambra també ha creat un comitè d'investigació, el qual ja s'havia acordat establir abans del Catalangate, per determinar si l'ús de Pegasus infringeix la legislació de la Unió Europea i els drets fonamentals. La Comissió Europea, però, ha insistit que són els estats els que han d'investigar els casos d'espionatge amb Pegasus.