Malgrat les crítiques internes que IU-EB ha rebut, sobretot de la direcció del partit, a causa de la decisió del seu coordinador general, Javier Madrazo, de sumar-se a la querella del Govern basc contra el jutge Baltasar Garzón, la formació basca nega qualsevol tipus de «crisi» entre la direcció federal i Ezker Batua, encara que admet, això sí, una falta d'enteniment entre ambdós. Madrazo va dir que se sentia orgullós que EB sigui «la part vermella» del Govern basc i va fer una crida a la rebel·lió i a la unitat d'acció de l'esquerra sindical, social i política basca i de l'Estat per a, des de la condemna a ETA, defensar la democràcia, els drets humans i l'autogovern «davant els atacs brutals de la dreta reaccionària del PP».
Dimecres, la direcció federal d'IU discrepà de Madrazo i considerà «precipitada i desmesurada» la querella contra el jutge Garzón, de la qual va dir que té «dubtosa utilitat pràctica perquè sembla estar condemnada al fracàs». La formació que dirigeix Gaspar Llamazares llançà un clar missatge al seu company basc assegurant que la formació d'esquerres «sempre ha considerat la via judicial com l'única constitucional per a la il·legalització de partits com Batasuna». Tanmateix, EB diu que, segons els estatuts d'IU, les decisions en l'àmbit basc són exclusivament seves, independentment del que pensi la direcció federal.
Precisament per això, l'esquerra basca diu que no té por de les amenaces i repercussions que pugui tenir no acatar les resolucions del jutge Garzón ni les acusacions velades del PP sobre la retirada de competències. De fet, Madrazo va envestir contra el PP acusant-lo de «dreta neofranquista» que vol desmantellar el que tant li va costar conquerir a l'esquerra i que donà lloc a l'exili, la persecució, el sofriment i la mort. Malgrat la tranquil·litat de Madrazo, les crítiques dels seus companys de partit continuen emetent-se. Ahir mateix, la responsable de Política Institucional, Rosa Aguilar, li va demanar que «rectifiqui immediatament» la seva decisió de presentar la querella, ja que és un «error gravíssim» i una decisió «inapropiada i equivocada».
Segons ella, la coalició ha de tenir una posició federal clara en el tema del País Basc, per això des d'Euskadi no es pot fer en cada moment pronunciaments aïllats de la resta de l'organització «que està fent molt de mal». «IU-EB s'ha confós perquè no té cap raó per apuntar-se a la querella i menys quan hi ha mecanismes perquè es pugui actuar contra una decisió judicial amb la qual no s'està d'acord», va dir. Un altre dels membres de la direcció d'IU, Julio Anguita, es va referir a la polèmica. Segons ell, diversos membres del partit, dels quals no va dir el seu nom, s'han excedit parlant pel seu compte, a deshora, i sense fer-ho al lloc que correspon. «Haurien d'haver esperat a una reunió de la Presidència federal, i dic això amb certs dots de ràbia, en comprovar que els militants i els dirigents d'una força política no diuen el que han de dir als òrgans de direcció», assenyalà.
